Page 53 - pesta2023_4

Side 53 -pest-POSTEN

Ferdaminne...(1)
Studiebesøk i Brno, Tsjekkia

Av Veselka Petrova Dimova-Svetoslavova

Jeg fikk reise- og hospiteringsstipend for prosjektet: «Epidemiologisk karakterisering av
Treponema pallidum i Norge ved etablering av MLST og helgenomsekvensering». Her
følger min rapport fra oppholdet.

Syfilis er en seksuelt overførbar infeksjon forår- med. Helgenomsekvensering kan utføres i både
saket av Treponema pallidum subspecies palli- sjankerprøver og EDTA-blod fra pasienter med
dum (TPA) som er vanskelig å dyrke. Noen få la- primær og sekundær syfilis. Professor Šmajs har
boratorier i verden har lyktes med TPA dyrkning gjennomgått protokollen og kommentert viktige
i cellekultur av epiteliale celler fra kanin. Den detaljer av helgenomsekvenseringsalgoritmen.
økende forekomsten av syfilis tross gratis drop- En stor del av besøket ble dedikert til
in testing og behandling krever nye metoder for bakteriell genomanalysering sammen med
overvåkning og epidemiologisk karakterisering bioinformatikeren i den biologiske fakultetet.
direkte fra biologisk prøvemateriale. TPA mole- Detaljert gjennomgang av algoritme og
kylær typing i henhold til multi-locus sekvensty- informasjon om ulike programmer for
ping (MLST) ble etablert i Mikrobiologisk avde- komparativ genetisk studie, pangenom-analyse
ling Ullevål OUS sammen med genotypisk TPA og fylogenetisk analyse av alle sekvenserte data.
makrolidresistens. For første gang i Norge ble Bioinformatikerens jobb er veldig viktig for å
TPA stammer subtypet i 2023.
få et godt sekvenseringsresultat. Ved siden av
Besøket i Institutt for biologi i det medisinske fa- gjennomgang av hele analyseringsprosessen ble
kultetet i Masaryk Universitetet i Brno, Tsjekkia det innhentet kontaktinformasjon når viktige
ble planlagt med hovedfokus i TPA helgenom- spørsmål oppstår i fremtiden.
sekvensering. Professor David Šmajs leder en Professor Šmajs fortalte med glede at flere
gruppe kjent for sin betydelige utvikling av og forskningsgrupper i Europa er interessert i
mange publikasjoner om verktøy for epidemiolo- syfilisovervåkning og tar kontakt med ham. Det
gisk karakterisering av TPA. er et voksende nettverk med mål om å bringe ny

Hovedhindringen ved TPA helgenomsekvens- kunnskap om TPA.
ering er det store innholdet av humant DNA i En overraskende opplevelse var mørkfeltmikro-
sjankerprøver sammen med DNA fra normal skopien fra cellekultur av TPA – en sjelden mu-
bakteriellflora. Gruppen av professor Šmajs lighet i et vanlig mikrobiologisk laboratorium.
hadde testet ulike metoder for å fjerne fremmed I okularet møter deg et hav av perfekte spiraler
DNA fra både kaniner inokulert med TPA med en blek, stjerne-aktig farge.
og kanin- epiteliale celler fra cellekultur. For
epidemiologisk overvåkning anbefales draft Tusen takk til Norsk Forening for Medisinsk
helgenomsekvensering som ikke gir 100 % Mikrobiologi for muligheten til å reise, møte
dekning av referansestammen, men kan avdekke fagpersoner med høy kompetanse, og dele
viktige gener og virulensfaktorer og utføre erfaring og frustrasjon med dem. Jeg anbefaler
slektskapsanalyser. Vurdering av TPA DNA alle kolleger i feltet å gripe enhver mulighet
mengde og DNA kvaliteten i prøvematerialet til å lære noe nytt og bygge nettverk over
med kvantitativ TPA PCR er viktig å starte landegrensene.