Page 11 - pesta2019_3-4

Side 11 -pest-POSTEN

mht. klarere definisjoner og å unngå konfunde- i symposiet ”Metagenomics and syndromic
re - samtidig er det et problem at det er variabel testing of infectious diseases.” Øyvind
tilgang til diagnostikk og alternative terapier. – Kommedal (HUS) tok for seg første del -
Hvordan? Man trenger prevalensdata for resis- metagenomics. Først beskrev han problemet for
tens og infeksjoner, men et problem er at slike ”the metagenomic shotgun sequencing” (MSS)
gir et skjevt bilde fordi de oftest kommer fra med tilstedeværelsen av ekstracellulært DNA fra
overvåkning og studier fra høyinntekstland. Det humant vev som kontaminerer (ratio mikrobielt
ble vist en rekke eksempler på studier av fore- til humant DNA er 1:10 til 1:10 ) men det
3
6
komst og mortalitet for MRSA vs MSSA, ESBL finnes metoder for dette: ”selective human DNA
vs non-ESBL osv.; O’Neil rapporten (2014) depletion” som imidlertid også gir en ”kostnad”
ble òg omtalt (10 mill resistensdødsfall i 2050). i tap også av mikrobielt DNA. For ortopediske
”Disability-realted” leveår (DALY) er målet proteseinfeksjoner viste han stor gevinst bruk av
for sykdomsbyrde, det bedre kjente QUALY MSS vs. dyrkning av sonikatvæske, spesielt ved
måler bare byrde uten medisinsk intervensjon. kulturnegative tilfeller. Generelt er fordeler ved
I oppsummeringen viste han mange tall for metoden eksellent ID (bakterier, sopp, parasitter),
DALY, jeg nøyer meg med å sitere ham på at en mulighet for resistensdata, samt lettere å adskille
hoveddel av negativ helseeffekt pga. AMR (65%) bakgrunnsstøy (?) sml. med 16S DNAsekv.
er relatert til helsevesen og sykehusopphold. Ulemper er høy kostnad, behovet for intakte
Irene Høyland Løhr (SUS) fortalte om den nor- bakterieceller, ukjent ytelse ved forutgående
antibiotikabehandling og man kan kun benytte
ske Klebsiella pneumoniae studien. Sykdoms- MSS på flytende materiale/kroppsvæsker.
byrde av Kp undersøkes for 90% av befolkningen
ved at 33 sykehus inkluderes, genetiske markø- Nanopore metagenomics ble spesifikt omtalt og
rer for virulens og deres assosiasjon til mortali- jeg fikk ikke helt med meg enkelthetene, men en
tet undersøkes med WGS for ~1000 isolater fra artikkel om dette temaet i Nature biotechnology
Kp bakteremier 2017-18. En rekke kliniske data fra juli 2019 kan konsumeres av vitenbegjær-
samles også, en betydelig styrke selvsagt for slik lige. Jeg fikk med meg at etter hDNA deplesjon
estudier. Løhr redegjorde til slutt for allerede er 5kb fragmentasjon og random PCR involvert
kjente virulensfaktorer hos Kp. før nanopore MG, og metoden har en turn-around
tid på ca. 6 timer. Dette var et kjempespennede
Et siste foredrag av sveitseren Antony Croxatto
”Next generation methods for AB susceptibility foredrag!
testing” ble altfor teknisk og omfattende for un- Ville Peltola fra Finland åpnet andre del, med
dertegnede å referere fra. syndomtesting ved luftveisinfeksjoner (LVI). En

Lørdag startet med symposium om hepatitt C og økende antall tester er tilgjengelige, stort sett PCR
baserte, hurtige (< 2 t) og noen med ”point-of
E & HIV. Ikke mitt hovdfelt lenger heller, og jeg care” mulighet. Fortsatt relativt kostbare, og med
finner ikke å ville utbrodere her.
variabel kapasitet. Fordeler med rask diagnostikk
HCV behandlingsstrategier er veldig fokusert på er åpnebare for LVI med sin høye sykdomsbyrde:
i mange vestlige land og en finsk sådan i primær- redusere overforbruk av antibiotika, hindre
helsetjenesten, opioid subst. klnikker og fengs- sykehusinnleggelser og forkorte opphold, hindre
ler ble redegjort for av Henna Rautiainen. Om transmisjon. Verd å merke seg er at interpretasjon
hepatitt E infeksjonspatogenese og behandling av funn mht. klinisk betydning kan være en
ble underholdt av av franske Jacques Iztropet. utfordring og at de over beskrevne fordelene bare
Tilslutt fortalte en HIV pasientkontakt, Garry delvis er vist i kliniske studier..
Brough fra UK, engasjert om to omfattende men- Truls Leegaard (Ahus) snakket så om syndrom-
torprogram ved ulike klinikker hos dem.
testing ved gastrointestinale infeksjoner. I en
Vanskelige, men interessante tema kom så opp nylig studie fra eget sykehus var 291 pasienter