Page 8 - pesta2015_3

-pest-POSTEN Side 8

and new technologies. Anders Wallensten infeksjonssykdommer. I dette foredraget var
fra Folkhälsomyndigheten forklarte konseptet F. tularensis det aktuelle agens for å demonstrere
hel-genom sekvensering (WGS). For en enkel bruk av teknikken. Yersinia pestis er imidlertid
infeksjonsmedisiner er det i overkant ambisiøst prevalent hos smågnagere i arizonaørkenen, og
å skulle gjengi detaljer... men i hovedsak dreier pest har vært hovedfokuset for hans forskning.
det seg om 1) ”de novo assembly” som er et Han leverte senere i møtet en fremragende
puslespill med gener hvor lite er kjent på forhånd, historisk ovesikt over 3 kjente pestutbrudd. Det
for å oppdage nytt genmateriale eller interessante første, ”Justininan Plague” fra 6-8 århundre e.
konsellasjoner av gener. Gensekvenser – ’reads’ Kr. var helt ukjent for undertegnede. David må
– blir her sammenliknet og deretter overlappet inviteres som gjesteskribent i pest-POSTEN....
for å bygge lengre sekvenser. Og 2) ”reference Et symposium om Clostridium difficile infeksjon
assembly” innebærer mapping av gensekvenser (CDI) –sponset av Astellas– ble holdt før offisiell
til kjente genomer og slik at man kan oppdage åpning av møtet på dag 2 og Mark Wilcox
’single nucleotide polymorphisms’ (SNPs) for så (Leeds) summerte kunnskap om CDI insidens,
å ekstrahere disse. WGS metoden blir bedre og mortalitet, kostnad og selvsagt behandling.
bedre, det blir mindre gjettverk og økte mulighet EUCLID-studien (Davies et al, Lancet 2011)
for å påvise nye species, resistensgener og undersøkte prevalens av CDI i 20 europeiske
virulensfaktorer – men WGS alene gir ikke alle land og fant en økning fra 6,6 til 7,9 tilfeller
svar, epidemiologiske data er alltid ’paramount’. per 10 000 pasientdager i sykehus. En studie

Linus Bengtsson, Karolinska Institutet, er en fra 2008 viste prevalens på bare 4,1. CDI gir

pioner på bruk av telefonnettet i epidemiogi. økt mortalitet inntil 3-fold og sykehusopphold
Under kolerautbruddet etter jordskjelvet på Haiti forlenges (typisk 6-21 dager i snitt). Det ble
i 2011 brukte han det lokale mobilnettet for fokusert på kostnader ved residivinfeksjoner:
beregne smittepress over tid i ulike områder (se totalt $17500 per CDI og $5000 for hvert recidiv
bildet under). To antagelser må til, nemlig at antall (Dubberke et al, CID 2012), bruk av fidaxomycin
smittede per areal er proporsjonalt med antall vs. vankomycin ga begge en kostnad på 14500 i
rapporterte tilfeller, og at identifiserte forflyninger en sammenliknende studie (Nathwani et al, JAC
av mobiltelefonkunder er proporsjonal med antall 2014). Wilcox var nok den mest kjente av trioen
infiserte personer. Se også Bengtsson et al, PloS forelesere. David Jenkins (Leicester) presenterte
Medicin 2011 og www.flowminder.org en sammenliknende observasjonsstudie av 50
CDI-pasienter hvor høy kostnad for fidaxomycin
ble oppveiet ved færre recidiv (4%) enn ved
bruk av vankomycin (14%), han fant sågar £400
høyere kostnad per pasient i vanko-gruppen.
Tja... Torbjörn Nóren fra Ørebro presenterte
egen CDI epidemiologi og ønsket velkommen
til ”metronidazol country”. Norén la frem et
utkast til svenske retningelinjer og viste til ny
dokumentasjon for bedret prognose ved tillegg
av i.v. metronidzol ved ”ICU-CDI” (Rokas et al,
CID 2015).
Første offisielle foredrag på dag 2 het ”CRISP-
Cas9: a transformative technology for
David Wagner, Arizona, har lenge analyserer genome engeneering” fremført av Emanuelle
genetisk variasjon hos patogen, vektor og vert Charpentier som deler sin tid mellom Umeå
for å fremstille fylogenetiske kart til hjelp for og tyske forskningsmiljøer. En fremstående
å forstå økologi, evolusjon og distribusjon av representant for Umeå-miljøet, med spennende